El 17 de agosto de 1848, Miguel Barbachano gobernante de Yucatán, decretó la reincorporación de la península a la federación mexicana.

Hacia 1841 en México se vivía un conflicto político entre el gobierno de corriente centralista, que facultaba al Presidente para designar gobernadores así como otras decisiones de los estados, y la corriente que optaba por una forma de gobierno federal que defendía la división de poderes y otorgaba autonomía a los estados. En Yucatán era uno de los estados en el que existía descontento con el gobierno centralista que predominaba.

Durante el gobierno centralista, el Congreso del Estado rompió relaciones con México en tanto se reestableciera el régimen federal. El primero de octubre de 1841, la Cámara de Diputados local aprobaba el Acta de Independencia de la Península, estableciendo que “el pueblo de Yucatán, en el pleno uso de su soberanía se erigía en república libre e independiente de la nación mexicana”. En aquel momento la Península abarcaba los estados de Campeche, Yucatán y Quintana Roo.

El gobierno de México no aceptó esta independencia. Por un lado envió una avanzada militar para enfrentar a los separatistas en lo que hoy se conoce como Hacienda Pacabtún en Mérida; por otro lado, el cierre del comercio entre puertos yucatecos y mexicanos afectaba la economía de Yucatán. Finalmente, Antonio López de Santa Anna, entonces presidente, firmaba el 5 de diciembre de 1843 los convenios que otorgaban a Yucatán autonomía plena, con la condición de que se reintegrara al territorio nacional.

Hacia finales de 1845 estos convenios fueron suprimidos y el 1 de enero de 1846, la Asamblea Legislativa de Yucatán declaraba nuevamente la Independencia de la Península del territorio mexicano. Poco duró este segundo periodo independiente, ya que la crisis generada por la Guerra de Castas entre mayas y mestizos, obligó al gobierno yucateco a pedir ayuda militar al gobierno mexicano, aún a costa de su soberanía, a cambio de la reincorporación de Yucatán.

En 1848, el gobernador Miguel Barbachano, envió una comisión ante José Joaquín Herrera para tratar el asunto y el gobierno de México le remitió armas y dinero para terminar con la guerra. Así se reincorpora Yucatán a la federación mexicana, cerrando definitivamente este capítulo separatista.

Actualmente, Yucatán tiene una extensión territorial de 39,524 km², lo que representa 2.02% de la superficie del país. De acuerdo a la Encuesta Intercensal del INEGI, cuenta con una población de 2,097,175 personas y se encuentra conformado por 106 municipios, de los cuales su capital Mérida, es la localidad más poblada con 892,363 habitantes.

En 2017 32 municipios del estado de Yucatán participaron en el Programa Agenda para el Desarrollo Municipal, diseñado por la Secretaría de Gobernación a través del Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED).