Pocos años después de su fundación, la villa de San Felipe ya mostraba características propias de una ciudad.
Así lo relata el padre jesuita José Neumann en una carta fechada el 15 de abril de 1724, dirigida al provincial de Bohemia: “Debido a la gran cantidad de comerciantes y artesanos, muchos de los cuales, si administran bien sus negocios, se enriquecerán rápidamente; pues la producción diaria de plata en estas minas es asombrosa.
Esta última colonia española se ha convertido en la más poblada de todas”. En la misma carta, Neumann estima que la población se extendía por unos dos kilómetros.

El 10 de agosto de 1722 se estableció la parroquia de San Felipe bajo la advocación de San Francisco de Asís y Nuestra Señora de la Regla. Su primer párroco, Juan Bautista de Lara, impulsó la ampliación de la capilla original, insuficiente para la creciente población. Su plan consistía en extender el templo por la parte trasera en 14 varas (equivalentes a 83.59 centímetros cada una).
En mayo de 1723, el obispo de Durango, don Benito Crespo y Monroy, envió al maestro alarife Joseph de la Cruz a San Felipe para encargarse tanto de la ampliación del templo parroquial como de la construcción del colegio jesuita. En aquella época, “alarife” era el término utilizado para referirse a un arquitecto o maestro de obras. Joseph de la Cruz fue seleccionado para esta tarea mientras finalizaba la catedral de Durango.
En junio de 1725, el obispo se trasladó personalmente a San Felipe para iniciar las obras del nuevo templo. Donó de su propio bolsillo siete mil pesos, suma que fue igualada por los vecinos de la villa. El entusiasmo colectivo permitió que se colocara la primera piedra el 21 de junio de ese mismo año. El obispo Crespo reconoció a San Felipe como “el Real de Minas más opulento de todo el obispado” y alentó a los habitantes a construir una iglesia más grande y majestuosa, incluso con miras a convertirla en una futura catedral. En una carta dirigida al rey, justificó el proyecto señalando: “porque con el tiempo, y si el mineral se mantiene como se espera, esta iglesia podría servir de catedral, considerando lo alejado que se encuentra del actual obispado”.
Actualmente, el plano original de la nueva parroquia de San Felipe el Real —realizado por Joseph de la Cruz— se conserva en el Archivo General de las Indias. Fue enviado a España el 22 de abril de 1726.